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Durante le sue numerose peregrinazioni evangeliche San Francesco d’Assisi venne a Cortona nel 1211: qui fondo’ una Comunita’ che prospero’ sotto la guida del cortonese Frate Elia. Questa Comunita’ si stabili’ in una localita’ nota come Celle, perche’ nella insenatura della montagna esistevano piccole abitazioni di eremiti e c’era una chiesetta dedicata all’Arcangelo San Michele. La Comunita’ dell’Eremo delle Celle di Cortona fu visitata diverse volte da San Francesco nel corso della sua vita: l’ultima volta vi soggiorno’ nell’estate del 1226, pochi giorni prima della sua morte. Oggi nel Convento delle Celle si puo’ vivere un’esperienza di preghiera e di silenzio, usufruendo dei ritiri spirituali che vi vengono fatti per condividere alcuni momenti di preghiera con i frati.